Pierwszym obiektem sakralnym o charakterze prawosławnym, który pojawił się w Hajnówce,była czasownia, znana później jako kaplica, poświęcona Kazańskiej Ikonie Matki Bożej.Powstała ona w 1925 roku w prywatnym mieszkaniu mieszczącym się przy ulicy 3 Maja i podlegała parafii Zaśnięcia Bogurodzicy z Dubin. Dalszy rozwój parafii w Hajnówce nastąpił, gdy 26 maja 1942 roku erygowano samodzielną parafię. Do jej funkcji religijnych,
wykorzystywano drewniany budynek nadleśnictwa, który przekształcono w cerkiew
parafialną pod wezwaniem św. Mikołaja.
W grudniu tego samego roku powstał cmentarz parafialny. Z czasem, w 1953 roku, w
Hajnówce wzniesiono cerkiew cmentarną pod wezwaniem Wszystkich Świętych. W latach
1973-1983 trwały prace nad budową nowej świątyni parafialnej, którą jest sobór Świętej
Trójcy. Z kolei cerkiew św. Mikołaja została w1984 roku przeniesiona najpierw do Czyż, a
następnie do Białegostoku. W 1986 roku, na cmentarzu ofiar terroru hitlerowskiego, w
miejscu dawnej wsi Górne (aktualnie ulica Górna), wybudowano drewnianą kaplicę, która
nawiązuje do pierwszej hajnowskiej świątyni prawosławnej, nosząc wezwanie Kazańskiej
Ikony Matki Bożej.
Z parafii Świętej Trójcy wydzielono kilka innych parafii, w tym:
– parafię Wniebowstąpienia Pańskiego w Orzeszkowie (1982 r.),
– parafię Narodzenia św. Jana Chrzciciela w Hajnówce (1996 r.),
– parafię św. Dymitra w Hajnówce (1996 r.).
Przy parafii funkcjonuje jedyne w Polsce Prawosławne Studium Psalmistów i Dyrygentów
Cerkiewnych, które zostało założone w 1996 roku. Parafia jest organizatorem
Międzynarodowego Festiwalu „Hajnowskie Dni Muzyki Cerkiewnej”, który przyciąga wielu
miłośników muzyki cerkiewnej.